玉溪市国土面积2241.23万亩，其中林地面积1481.62万亩、草地面积42.14万亩、湿地面积2.71万亩，林地、草地、湿地面积总和占国土面积的68.1%。全市森林覆盖率64.06%，森林蓄积量6187万立方米，草原综合植被盖度79.33%，湿地保护率77.23%。有各类自然保护地27个、面积339.75万亩，占国土面积15.16%，其中，国家级自然保护区2个（元江国家级自然保护区、新平哀牢山国家级自然保护区），国家级森林公园2个（新平磨盘山国家级森林公园、易门龙泉国家级森林公园），国家湿地公园3个（通海杞麓湖国家湿地公园、澄江抚仙湖国家湿地公园、江川星云湖国家湿地公园），地质公园1个（澄江动物化石群国家级地质公园），世界自然遗产1个（澄江化石地世界自然遗产）。玉溪共有野生动物736种，占云南的49.53%，共记录各类珍稀濒危及重点保护野生动物234种，其中，国家Ⅰ级和II级保护野生动物73种，如绿孔雀、西黑冠长臂猿、林麝、云豹等。有国家重点保护陆生野生动物87种、“三有”（有益的、有重要经济价值、有重要科学研究价值的陆生野生动物）野生动物407种。有高等野生植物2394种、国家级重点保护野生植物31种，分布有7个自然森林植被类型，为全市经济、社会、政治、文化高质量发展提供了重要的生态安全屏障。